《青少年知识小百科：自然奥秘》在内容上打破了一般的学科框架，分为浩瀚宇宙、地球之谜、自然（包括动植物）三大板块，对天体与宇宙、人类的奥秘、动物的奥秘、植物之谜等四个方面作了详尽的阐述，以最能引发青少年好奇心的“奇”和“谜”为切入点，全方位、多角度地介绍大千世界的各种奇迹、奇观、奇特现象、奇异发现以及令人费解的未解之谜。《青少年知识小百科：自然奥秘》在坚持知识严谨性、科学性的同时，强化趣味性和可读性，追求言之有味、言之成趣，以新颖的视角和科学的态度，弘扬科学文化。

第一篇 九天揽月--宇宙之谜
1．神秘面纱--宇宙中的银河系中心
2．尚无定论--天文学上的“3C48”和“3C273”类星射电源
3．众说纷纭--太阳黑子活动之谜
4．天人感应--太阳活动对人的创造力的影响
5．“太空魔王”--黑洞之谜
6．难以置信--雷击治愈长年病
7．云状尘埃--科学家发现抽烟的星球
8．火星奇观--“七姐妹之谜
9．无法想象--宇宙中发现巨大“空洞
10.科学发现--“热木星”水之谜
11.神奇能量--宇宙“伽马射线暴”现象
12.由表及里--太阳风粒子揭开月球岩石之谜
13.悬疑解惑--太阳风暴
14.疑窦丛生--闪电谜团
15.离奇诡秘--世界十大最怪异天气成难解谜团
16.有待证实--极光成因的推测
17.太阳光变--海水呈现蓝色的原因
18.光怪陆离--极光

第二篇 美丽家园--地球之谜
1．旷古奇案--通古斯大爆炸
2．世说新语--地磁的方向
3．相辅相成--磁与生命的关系．
4．别有洞天--南极洲大陆的“热水瓶
5．地质怪圈--南北极不发生地震的原因
6．杞人忧天--地球人口秘钥
7．热带气旋--台风形成的原因，
8．万年不化--山西神奇冰洞
9．冰川漂砾--璧山百万年前曾被冰川覆盖
10.特色趣闻--世界各地自然湖泊
11.闻所未闻--世界五大奇河
12.怪象环生--奇异的“悬浮怪湖”
13.神奇秘境--全球十大神秘
14.“世外桃源”--意大利斯图卡乐顿村
15.奇异现象--神奇的“迪安圈”
16.不得其解--石球重量变化之谜
17.百年奇石--石头长大之谜
18.史无前例--生物大灭绝的真实原因
19.咸淡参半--世界罕见的湖泊
20.天灾之源--世界上最大的自然灾害带
21.叹为观止--世界十大非著名奇迹
22.臭名昭著--世界十大海盗岛屿揭秘
23.闻名遐迩--世界十大奇湖
24.不可名状--世界十大奇异自然现象
25.死亡地带--世界最著名的7个恐怖风景区
26.美丽传说--苏格兰地狱禁地和仙境
27.沼泽之地--塔克拉玛干沙漠中的湖泊群
……
第三篇 神奇精灵——动植物之谜