《农区生物多样性编目（上下册）》组织了包括26省(自治区)农业环境监测站和当地科学研究单位的专家进行协作，分别对有关农区生态系统与生境的9个领域开展实地调查研究，总计写出了702篇调查报告(即“条目”)，比较全面地覆盖了我国农区的重要生态系统与生境分布区点，包括对生态系统状况、重要性、生物多样性受威胁情况与原因以及保护与合理利用措施的描述。除“条目”外，为了方便本《编目》使用者对各有关方面概况的了解，《农区生物多样性编目（上下册）》还开展了各领域和各省农区生物多样性概况的调查研究，主要使用2000年以来的新资料，表述为第一章的全国概述、第二章的各省概述和各领域概述。《农区生物多样性编目（上下册）》还选编了与农区生物多样性保护与合理利用密切相关的附录资料，希望它能成为对我国有关农业和环境管理者、研究人员和监测者以及教学者有实用价值的工具。

第一章 农区生物多样性编目概述
第二章 分省农区生物多样性概述
第三章 农区重要湿地编目
第四章 分省农区重要湿地编目
第五章 农作物野生亲缘种分布区点编目
第六章 分省农作物野生亲缘种分布区点编目
第七章 农业重要特产物分布区点编目
第八章 分省农业重要特产物分布区点编目
第九章 极端环境条件下的农业区点编目
第十章 分省极端环境条件下的农业区点编目
第十一章 重要典型生态区与过渡带中的农区
第十二章 分省重要典型生态区与过渡带中的农区
第十三章 农业物种引进的生态影响
第十四章 分省农业物种引进的生态影响
第十五章 农业重要病虫害及天敌的生境编目
第十六章 分省农业重要病虫害及天敌的生境编目
第十七章 农业部门的重要自然保护区编目
第十八章 分省农业部门的重要自然保护区编目
附录