《育种实用统计学》从为植物育种服务的角度，梳理了生物统计学、数量遗传学与实际育种应用结合的试验设计和数据分析方法，分析了遗传力错误概念、离差（效应）的育种价值、方差的育种价值、数据缺区应对策略、育种值的育种价值、用BLUP育种值提升配合力方法选择效果等内容，给出了植物育种用育种值的育种思路。主要内容包括：试验设计部分，侧重介绍BIB设计、α-格子设计、增广设计；方差分析部分侧重从效应的角度理解方差分析，总结提出了方差分析三句话；配合力部分讨论了配合力方法实质；BLUP育种值部分提出了植物育种值分析线性混合模型；稳定性分析部分比较了Eberhart-Russell模型、Shukla模型等多种稳定性分析方法，分析了相对平均偏差（RSI））在稳定性分析中的应用价值。

　　当年学习生物统计的时候，感觉这门课很不好学，后来在开发农博士育种家软件的时候，一个算法一个算法的编程实现，需要掌握每个算法的实现步骤和原理，不得不重新学习生物统计、数量遗传学这些课程。由于育种新技术新方法的不断出现，需要不断跟踪研究算法，接触了不少国内外相关教材，包括生物统计学、数量遗传学、生物信息学、遗传学、玉米育种学、动物育种学、分子育种学等。然后，发现了一些问题，有了一些个人的想法。
　　从效应的角度学习理解方差分析，会生动许多。方差分析三句话简单易用。
　　透过分子育种，可以找寻常规育种的不足和可提升改进之处。分子育种领域注重育种值而不是配合力、“配合力幻想”“配合力有作为经营策略的一面”，这些都会促使植物育种者重新认识配合力。植物育种，配合力可以用，但有不足，育种值要会用。动物育种实践已经证明了依据育种值选择的有效性，动物育种学中分量很重的内容就是BLUP育种值计算，为育种选择提供了明确而重要的数学理论和方法，而植物育种学中一直未涉及这方面的内容，动、植物育种选择在基因层面不应该存在差别，长期形成的植物育种用配合力、动物育种用育种值的局面将会改变。分子育种时代，植物育种将难觅配合力的身影，传统植物育种选择技术需要提升科学技术含量。
　　BLUP在植物育种领域使用，从数据模型角度，更适合与育种值结合，北京中农博思科技发展有限公司据此提出了植物育种适合采用的植物育种值模型（BS模型），这与动物育种采用的动物模型、公畜模型等诸多线性模型本质上是一致的。不适合将BLUP应用于一般配合力和特殊配合力分析，因为模型中年度、地点等效应没有分离，模型生物学意义不明晰。
　　植物育种中常见的缺区现象，本书给出了新的系列应对策略。缺区，并没有影响试验材料的客观试验表现，需要进行相应的平方和和自由度计算调整。缺几个自由度就减几个，平方和采用累加的思路，缺了就不累加，试验分析参数进行对应调整，跟未缺区的时候一样分析。如果缺区导致试验中某效应的平均数无法计算，那就不能进行方差分析，这可以作为缺区情况下是否能够进行方差分析的一个判断依据。该系列策略在跟SAS软件的比较计算中得到了印证。
　　品种稳定性包含了稳定性和适宜性两个方面，用相对平均偏差解决品种稳定性非常实用，稳定性分析方法太多了，以至于不少人忽略了样本间稳定性比较的基本统计量RSD；分子育种时代已经到来，很多新技术新方法还是围绕育种选择在发力，育种的核心是选择，选择的最终指向是有利基因的聚合。
　　从育种选择的角度，离差（效应）更有选择指向性、更实用，方差在生物统计中很重要，在育种中则没有那么重要，要了解育种何时需要用方差，了解方差的育种价值。不完全区组试验设计会被越来越多的国内育种工作采用，立足自身育种实际，脚踏实地，稳步提升育种统计应用水平更稳妥。育种软件日渐成为育种工作必备工具，专业育种数据分析很多是手工计算难以实现的工作，国内育种工作者要从思想上认识到没有数学支撑的育种是走不远的。全基因组选择，动辄几万到几十万个SNP标记效应的分析计算，没有软件，什么都做不了。
　　植物遗传育种专业可以考虑从育种与统计、数量遗传学应用结合的角度，讲授育种中常用的对比法、间比法、单因素随机完全区组、配合力、育种值等相关统计知识。一本专业的生物统计教材，没有结合专业需要梳理知识侧重，对学生来说注定学得不清不楚、糊里糊涂，工作中束手束脚.反而束缚了统计的农业应用。
　　植物育种在数量遗传学应用方面需要提升，跟动物育种长期存在差距。业内一位知名的玉米育种专家前辈，当年就是不得不去学习动物数量遗传学课程来补充植物育种知识，今天从教材方面看依然是这个情况。
　　本书专注研究生物统计、数量遗传学、生物信息学跟育种的应用结合，研究适合实际育种使用的育种理论和分析方法。本书不是一本生物统计入门教材，如果您学习完生物统计感到困惑或者学习完数量遗传学不知道如何跟实际育种工作结合，这本书应该对您有帮助。
　　由于水平有限，内容和观点难免存在错误和不足之处，希望读者不吝赐教。

第一章 试验设计
一、试验设计的原则
二、完全区组设计
三、不完全区组设计
四、增广试验设计
五、试验设计的发展趋势
六、试验方法的选用原则
七、对比法和间比法数据分析格式改进参考

第二章 方差分析
一、离差（效应）
二、方差（均方）
三、自由度
四、F分布
五、F测验
六、单因素随机完全区组试验方差分析示例
七、方差分析三句话
八、方差分析缺区数据分析结果比较
九、方差分析数据缺区应对策略讨论
十、缺区方差分析示例
十一、固定效应和随机效应
十二、理解方差分析
十三、一次重复多点试验的方差分析
十四、区域试验中的变异系数（CV）用于评价试验质量
十五、没有重复多点试验的分析

第三章 线性模型
一、线性模型之方差分析模型
二、两种方差分析方法
三、混合线性模型

第四章 遗传率
一、遗传力——一个错误概念
二、组内相关法估算遗传率
三、实际育种中遗传率育种价值思考

第五章 选择育种
一、选择差和选择响应
二、差值选择育种法

第六章 配合力
一、配合力定义
二、配合力计算示例
三、理解配合力
四、配合力育种价值思考

第七章 育种值
一、育种值定义
二、理论定义与实际定义辨析

第八章 经验式育种的选择技术方法
一、经验式育种的困惑
二、经验式育种选择使用的是均值
三、经验式育种改进探讨

第九章 BLUP育种值
一、BLUP介绍
二、单性状BLUP育种值计算示例
三、多性状植物育种BLUP分析模型
四、植物育种BLUP模型
五、植物育种BLUP模型中种群效应
六、BLUP植物育种值模型用于一般配合力分析
七、混合线性模型BLUP方法参考学习步骤及要点
八、直接效应分析法
九、植物育种中育种值应用思路参考

第十章 品种稳定性分析
一、品种稳定性分析模型
二、模型分析评价
三、品种稳定性（适宜性）分析模型
四、Shukla方差计算示例
五、Eberhart-Russell模型、Shukla模型、相对平均偏差稳定性分析比较
六、稳定性选择指标（相对平均偏差RSD）
七、稳定性分析策略及建议
参考文献