《古今图书集成医部全录比对与新用》是国家古籍整理出版资助项目“中医古籍临床比对与新用丛书（第二辑）”的一种。《古今图书集成医部全录比对与新用》在《古今图书集成·医部全录》所介绍疾病与对应治疗方药的基础上，通过将其应用在现代临床实践中，发现其在现代临床实践中的新用，具有创新性与指导性。

头门
概述
《东垣十书》元李杲
《丹溪心法》元朱震亨
《古今医统》明徐春甫
《医学入门》明李梃
《医学准绳六要》明张三锡
方
单方
针灸
医 案
选方简释
临床比对与新用

面门
概述
《外科正宗》明陈实功
《景岳全书》明张介宾
方
单方
针灸
导引
医案
选方简释
临床比对与新用

耳门
概述
《医贯》明赵献可
《医方考》明吴岜
《外科正宗》明陈实功
《景岳全书》明张介宾
方
单方
针灸
导引
医案
选方简释
临床比对与新用

目门
概述
《世医得效方》元危亦林
《原机启微》明倪维德
《证治准绳》明王肯堂
方
单方
针灸
导引
……

鼻门
唇口门
齿门
舌门
咽喉门
须发门
颈项门
肩门
腋门
胁门
背脊门
胸腹门
腰门
四肢门
前阴门
后阴门
皮门
肉门
筋门
骨髓门