普鲁士—德意志帝国的君主同时也必须（至少理论上）是一个军事指挥官。从威廉二世开始统治德意志帝国的那天起，他就把这方面的责任视为统治中非常重要的一个方面。在他登基的几个星期之后，他就发布政令，宣布成立一个新的军事机构，也就是我们所知的“皇帝与国王陛下的指挥部”（Headquarters of HisMajesty the Kaiser and King）。普鲁士国王的军事副手，从传统上来讲，都是作为各自服役的军队部门的代表来陪伴在皇帝左右的，然而与此不同的是，威廉二世的指挥部里的将军和副官都是他在军事内阁大臣的帮助下亲自挑选出来的。在整个战前时期，威廉二世都对军备问题以及陆军和海军法规的起草有着非常狂热的兴趣，甚至十分渴望能够指挥年度军队演习。那个被广为流传的用来形容德意志帝国皇帝的称呼，“最高统帅”（ObersterKriegsherr），更是突出了德意志帝国君主对军队构建和部署的这份责任。

这位君主对维持和延伸越过议会的王室指挥权的决心，对德意志的政治与宪法历史有着非常重大的影响（详见第4 章）。它同样也影响了陆军与海军指挥的结构演变。简单地讲，它阻滞了一个能够协调各部门活动以及调整它们的优先权的中心机构的形成。在威廉一世统治的时候，人事、训练、军备以及部署的责任逐渐被分散到一系列相互竞争的机构中去：总参谋部、战争部以及军事内阁等。威廉二世并没有试图颠覆这种状况，事实上他进一步分散了指挥机构，方式是增加可直接向皇帝汇报的陆军及空军指挥所的数量。这是一种有意识的策略，目的是为了创造出一个使君主的指挥权力不受限制的环境。“在决定亲自行使对海军以及陆军的最高指挥权以后，”威廉二世在1899 年3 月14 日发布的政令中宣称，“我认为这不实际，就是在我和我的将领之间需要有一个负责指挥的中央机构，而它的作用就是传达我的命令。”
然而，实际上威廉二世行使指挥权的能力是十分受限的。他对军队演习的参与，被证明是极具破坏性的，一部分原因是威廉二世并不擅长战术谋略，还有一部分原因是总参谋长阿尔弗雷德•冯•施里芬认为，如果皇帝参与进来，那么他必须得在演习中获胜：“因为皇帝不能被他的任何一位将领击败。”1906 年，施里芬的继任者赫尔穆特•冯•毛奇把威廉二世不再进一步介入指挥作为自己上任的条件。

威廉二世同样也缺乏对战略规划的概念。在战争即将到来的时候，对于总参谋部制定的应对可能发生战争的策略，他也只被通知了个大概走向—比如，他知道施里芬计划的大致情况。但是，他并不会被告知军事规划中的具体细节，这可能是因为非常注重保密的总参谋部认为他可能会泄露一些机密。此外，无论是陆军和海军内阁，还是帝国指挥部，都没有资源来支持皇帝真正行使指挥权。德意志帝国并没有像法国的战争高级委员会（Conseil Supérieure de la Guerre）或英国的帝国防务委员会之类的统一军事指挥机构，而威廉二世并没有能力在军事指挥中扮演协调者的角色，因此也就无法弥补德意志帝国的这一缺失了。甚至是在战争爆发前的最后几年里，德意志帝国领导层都没有为海陆两军的联合行动做出什么具体的准备，也没有试图使军事规划者所设想的策略和德意志帝国外交所追求的目标相吻合。从这层意义上说，德意志帝国依然属于“战略上无领导”。
在军事指挥方面，就像其他很多方面一样，皇帝所扮演的角色在理论上与现实上，可谓有着天壤之别。德意志宪法规定（第63 条）在战争爆发时，皇帝必须拥有所有地面部队的最高指挥权，据说威廉二世曾宣布他会是“自己的战时总参谋长”。如果他确实是这样声称的，那么在1914 年8 月爆发的战争应该能成功打消他的错觉；他立即正式把以他的名义下达行动指令的权力让渡给了总参谋长。因此，总参谋长成了“真正拥有军队最高指挥权的人”。8 月初，威廉二世承诺，他不会干涉军事行动的过程，令军方领导层惊讶的是，他在整场战争中都恪守了这个承诺。这些将军们，至少在战争初期的时候，都会留心不让他知道一些来自前线的坏消息，可能是因为他们都知道他的斗志是多么易受影响。战争的爆发似乎把他抛入了神经衰弱的状态，这种状态一直延续到战争结束的时候—中间只有一些很短的时间他的状态会好一点儿。胜利的传言确实会让威廉二世沉浸于嗜血的狂喜中，但是他也非常容易变得沮丧，还易于陷入会一阵阵发作的失败主义情绪中。他的情绪随着前线传来的瞬息万变的消息而起伏不定。比如，1916 年9 月6 日，据说威廉二世“看上去很糟”，因为他刚刚收到了关于第一近卫军团在索姆河战况的令人担忧的报告。但是，第二天他就又“非常兴奋”了，因为他得知罗马尼亚在图特拉坎的堡垒失守了。