达尔文的《物种起源》以全新的进化思想推翻了神创论和物种不变论，把生物学建立在科学的基础上，提出了震惊世界的论断：生命只有一个祖先，生物从简单到复杂，从低级到高级逐渐发展而来的，它所阐述的进化论是19世纪自然科学的三大发现之一。

第一章 家养状况下的变异

为什么会变异

习性、遗传以及相关变异

家养变异的性状

变种与物种的区别难题

各种家鸽的差异及起源

第二章 自然状况下的变异

变异性

个体之间的不同

分布、扩散范围大的常见物种最易变异

各地大属物种比小属物种更易变异

大属物种间的关系及分布的局限性

第三章 生存斗争

生存斗争与自然选择

生物按几何级数增加的趋势

抑制生物增长的因素

第四章 最适者生存的自然选择

自然选择

性选择

自然选择带来的灭绝

性状趋异

自然选择经性状趋异及灭绝发生作用

第五章 变异的法则

环境变化的影响

适应性变异

相关变异

构造发育异常极易变异

第六章 学说的难点

过渡变种的缺少

具有特殊习性与构造生物的起源与过渡

极完备而复杂的器官

自然选择学说的疑难焦点

第七章 对于自然选择学说的种种异议

变异未必同时发生

表面上无直接作用的变异

进步的发展

阻碍自然选择获得有用构造的原因

巨大而突然的变异之不可信的原因

第八章 论地质记录的不完全

消失的中间变种

从沉积速率及剥蚀程度推断时间进程

所有地层中都缺失众多中间变种

已知最古老的地质层中出现了整群物种

第九章 论生物在地质上的演替

关于物种的地质演替

物种及物种群的灭绝

所有生物的演化几乎同时进行

灭绝物种间及与现存物种间的亲缘关系

古生物进化情况与现存生物的对比

第十章 生物的地理分布

关于生物分布情况的解释

物种单一起源中心论

物种传播的方式

第十一章 生物的地理分布（续前）

淡水物种的分布

海岛上的物种

海岛生物与最邻近大陆上生物的关系

第十二章 生物的相互亲缘关系

群里有群

分类规则及何物具有分类价值

物种的血统分类

连接生物亲缘关系的性质

物种灭绝与种群定义

胚胎学中的法则、原理及问题解释

退化、萎缩及停止发育的器官