《计算机辅助药物设计理论及应用》主要介绍了与计算机辅助药物设计相关的基础理论和实例操作，内容涉生物化学，常用的数据库和基础软件，QSAR，药效团，分子对接，虚拟筛选，同源模建，结合自由能和能量分解，粗粒化，自由能曲面等。重在帮助学生简单理解本学科的基本原理，然后从实验操作入手，快速的掌握相关软件的使用方法。从分子层次上理解蛋白质的结构-功能关系和运动性质，培养学生利用计算机技术解决和药物有关问题的能力，并激发学生的科研兴趣。《计算机辅助药物设计入门教程》可供从事计算化学，药物研发的科研工作者使用，也可作为药物和计算机专业本科生、研究生的教材。

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目录
第一章 绪论（1）
第一节 新药开发的基本途径和方法（1）
第二节 计算机辅助药物设计的常用研究方法（10）
第三节 计算机辅助药物设计的常用软件（14）
第四节 近年来CADD在药物设计中的应用实例（19）
参考文献（21）
第二章 计算机辅助药物设计的相关基础（23）
第一节 计算机辅助药物设计的生命科学基础（23）
第二节 计算机辅助药物设计的药学基础（40）
第三节 计算机辅助药物设计的Linux基础（48）
参考文献（62）
第三章 常用数据库和基础软件的使用（64）
第一节 药物设计常用数据库（64）
第二节 药物和靶点的三维结构显示及绘制软件（79）
第三节 EndNote文献管理（85）
参考文献（91）
第四章 基于配体的药物分子设计（92）
第一节 定量构效关系（QSAR）（92）
第二节 药效团模型（119）
参考文献（125）
第五章 基于受体的药物分子设计（129）
第一节 分子对接的原理和分类（129）
第二节 分子对接的搜索算法（130）
第三节 分子对接的打分函数（134）
第四节 分子对接的操作流程（138）
第五节 分子对接实例（144）
第六节 虚拟筛选实例（147）
参考文献（153）
第六章 蛋白质结构预测及全新药物设计（158）
第一节 同源建模（158）
第二节 同源模建实例（171）
第三节 蛋白质结合位点预测（178）
第四节 全新药物设计方法（182）
参考文献（186）
第七章 分子动力学模拟（190）
第一节 分子动力学模拟的原理（190）
第二节 恒温恒压分子动力学模拟与溶剂模型（196）
第三节 分子动力学模拟的主要步骤（201）
第四节 分子动力学模拟应用实例（210）
参考文献（231）
第八章 结合自由能的计算（234）
第一节 生物大分子体系结合自由能研究的背景及意义（234）
第二节 结合自由能计算方法（238）
第三节 基于MM/PBSA自由能算法的操作实例（241）
第四节 自由能计算实例（247）
参考文献（258）
第九章 药物靶点的构象分析（260）
第一节 药物靶点基础（260）
第二节 粗粒化模型（262）
第三节 自由能曲面（275）
第四节 聚类分析（279）
第五节 自由能曲面和聚类分析实例（282）
第六节 ProDy使用（286）
参考文献（291）
第十章 药物设计常用的数值分析（295）
第一节 相关和回归分析（295）
第二节 ROC曲线（305）
第三节 基于贝叶斯分类的类药性预测（313）
第四节 Matlab在药物设计中的应用（322）
参考文献（337）
附录 常用Linux计算软件的安装（339）
中英文对照索引（347）
附图（363）