《医经允中》首卷为总论；卷二至四论脉，分述36脉象、16种怪脉及脏腑阴阳脉等；卷五至卷十六论病，将《内经》原文分隶于诸证，侧重阐明医理，而不载方药，仅《动气》及《妇人保产》两篇略载数方；卷十七至卷二十三论药，以脏腑各有温凉补泻之宜分配之；末卷集论医格言及延年要诀。本次整理以清康熙三十二年刻本为底本。

卷之一
有恒第一
医学说
人身与太极河图洛书相合
调理脾胃医中之王道
治病必求其本
养生宜遵孔夫子戒
亢则害承乃制
药方论
药不执方
君臣佐使论
望闻问切
治病必察其下
药脉阴阳相配论
寒因寒用热因热用论
病寤记

卷之二
辨脉分五脏六腑阴阳表里图
诊脉法
察上下来去至止六字脉
阴阳表里之异
七表
浮脉
芤脉
滑脉
实脉
弦脉
紧脉
洪脉
八里
微脉
沉脉
迟脉
伏脉
缓脉
涩脉
濡脉
弱脉

卷之三
九道
长脉
短脉
虚脉
促脉
结脉
代脉
牢脉
动脉
细脉
数脉
散脉
革脉
横脉
大脉
小脉
十六怪脉
虾游
鱼翔
偃刀
覆莲
羹肥
盏口
雀啄
屋漏
弹石
解索
藤蔓
土丸
翻败
太极
解股
脱尸
论左手三部阴阳脉虚实候
论右手三部阴阳脉虚实候
论脉左右对待
浮沉迟数图
奇经八脉
冲阳太溪太冲
经络升降别
周身经脉络脉

卷之四
平脉早晏法
分别三关境界脉候所主
辩尺寸阴阳荣卫度数关格
平脉视人大小长短男女逆顺法
两手六脉所主五脏六腑阴阳顺逆
辨脏腑病脉
辨脉阴阳大法
平虚实
纵横逆顺伏匿脉
辨恐怖杂脉
辨迟疾长短主病杂脉法
平人得病所起
诊病将瘥难已
平人脏腑虚实脉
心实
心虚
小肠实
小肠虚
心小肠俱实
心小肠俱虚
肝实
肝虚
胆实
胆虚
肝胆俱实
肝胆俱虚
肾实
肾虚
膀胱实
膀胱虚
肾膀胱俱实
肾膀胱俱虚
肺实
肺虚
大肠实
大肠虚
肺大肠俱实
肺大肠俱虚
脾实
脾虚
胃实
胃虚
脾胃俱实
脾胃俱虚
心包络实
心包络虚
三焦实
三焦虚
包络三焦俱实
包络三焦俱虚

卷之五
肝胆第一
心小肠第二
脾胃第三
肺大肠第四
肾膀胱第五
四时经
辨三部九候脉证
诊损至脉
诊脉动止疏数死期年月
肝足厥阴经病证
胆足少阳经病证
心手少阴经病证
小肠手太阳病证
脾足太阴病证
胃足阳明经病证
肺手太阴经病证
大肠手阳明经病证
肾足少阴经病证
膀胱足太阳经病证
三焦手少阳经病证

卷之六
平诸反逆死脉要诀
诊百病死生诀
诊三部脉虚实决死生
察声色要诀
病不可发汗证
病可发汗证
病发汗以后证
病不可吐证
病可吐证
病不可下证
病可下证
病发汗吐下以后证
热病阴阳并少阴厥逆生死证
热病十逆死证
热病五脏气绝证

卷之七
卷之八
卷之九
卷之十
卷之十一
卷之十二
卷之十三
卷之十四
卷之十五
卷之十六
卷之十七
卷之十八
卷之十九
卷之二十
卷之二十一
卷之二十二
卷之二十三
卷之二十四