《治河通考》包括《河源考》《河决考》《议河治河考》《理河职官考》四大部分，卷末附录了治河相关事宜，内容涉及到政治、军事、经济、文化、自然等多个方面，史料详实，文献学价值较高。但是目前留存的版本有限，只有明嘉靖十二年顾氏刻本、明嘉靖刻本。《治河通考》作为一部水利通史，记载了自周定王至明嘉靖时期的河决信息与治河事宜，并对历代成功治河事例进行了详细的阐述。吴山在治水过程中主张分流论，在第九卷通过汴河治水详细的阐述了分流治水的科学性与合理性。因此，《治河通考》的出现很大程度上反映了当时明代治水者在合流论与分流论之间的较量。