本书分为上、下两编，上编为古代文献部分，包括总论、地理编、交通编、人文编、人物编等五个板块；下编为现代著述部分，包括图书编、期刊编、学位论文编、会议论文编等四个板块。
本书收录的材料以与南海及该地域相关文献为限，少量收录海上丝绸之路相关文献，具体内容包括南海及其周边政治、经济、科技、宗教、民俗、民族、地理、艺术、考古、语言等内容的专著和文献辑录两个部分。南海文献专著指作者编著的南海材料或后人辑佚并为学界认可的南海文献专著；辑录部分主要收录或选录历代典籍中与南海相关的文献。

上编 古代文献类
总论
明·姚广孝等《明太祖实录》一则
明·杨士奇《明宣宗实录》一则
明·严从简《殊域周咨录》八则
明·张燮《东西洋考》
清·钮□《觚媵续编》三十二则
清·桂文灿《广东图说》一则
清·郭嵩焘《使西纪程》一则
清·张岳崧《琼州府志》一则
清·李翰章《广东舆地图说》一则
清·李准《李准日记》二则
清·李准《广东水师国防要塞图说》一则
清·钱骏祥《宣统政纪》一则
清·颜斯综《南洋蠡测》一则
清·卢宗棠、唐之莹《感恩县志》一则
清·梁廷楠《粤海关志》一则
张□、邢定纶《崖州志》两则
林翼中《广东全省地方纪要》五则
地理编
宋·祝穆《方舆胜览》二则
宋·欧阳修《新五代史》一则
宋·王溥《五代会要》一则
宋·章如愚《山堂考索》一则
明·王宗载《四夷馆考》一则
明·王圻《续文献通考》节录
明·马欢《瀛涯胜览》全书
明·陆应阳《广舆记》节录
明·游朴《诸夷考》节录
明·茅瑞徵《皇明象胥录》一则
明·费信《星槎胜览》全书
明·黄衷《海语》全书
明·顾齐《海槎余录》节录
清·王大海《海岛逸志》一则
清·张岱《石匮书》一则
清·李钟珏《新嘉坡风土记》一则
清·徐松《宋会要辑稿》节录
清·周凯《厦门志》一则
陈铭枢《海南岛志》一则
杨文洵《中国地理新志》一则
交通编
唐·义净《南海寄归内法传》一则
宋·胡宿《文恭集》二则
宋·陈均《九朝编年备要》一则
宋·陈大震《南海志》一则
元·苏天爵《元文类》三则
清·嵇璜《皇朝文献通考》三则
清·嵇璜《皇朝通典》一则
清·汪文台《红毛番英吉利考略》一则
清·王之春《国朝柔远记》二则
清梁廷楠《粤海关志》一则
清·姚文楠《江防海防策》一则
人文编
汉·扬雄文一则
晋·吴隐之诗一首
晋·王叔之诗一首
唐·玄逵诗一首
唐·杜审言诗一首
唐·沈俭期诗一首
唐·张说诗二首
唐·张九龄诗一首
唐·杜甫诗二首
唐·岑参诗一首
唐·刘长卿诗二首
唐·韦应物诗四首
唐·杨巨源诗一首
唐·权德舆诗一首
唐·杨衡诗一首
唐·王建诗一首
唐·张籍诗二首
……
下编 现代著述类