本书将分子动力学理论与应用相结合，以高质量的代码呈现分子动力学模拟的底层逻辑与实现形式。内容上，本书将在介绍分子动力学模拟的经典力学基础、热力学与经典统计力学基础之上，通过一个简单的分子动力学模拟程序引导读者从零构建模拟程序。此后，再逐步上升到模拟的高阶知识，如模拟盒子与近邻列表、经验势函数与机器学习势函数、控温与控压算法、平衡态性质、输运性质的计算、基于路径积分的量子分子动力学模拟等内容。