有些政治文化的传统，表面上未必会在当时直接改变历史走向，不过，它就像基因一样，终究会潜移默化地渗透到历史之中，给后来试图改变现状的人很多暗示，甚至直接影响了历史的选择。
本书从三个角度讨论中日传统政治文化的结构性差异：上篇《皇权与革命》从历史上中国不断改朝换代与日本所谓万世一系，来分析传统中日政治权力合法性来源与政治权力结构上的差异；中篇《郡县与封建》指出传统中国与日本在中央与地方关系上的差异；下篇《王权与神佛》讨论了中日两国在政教关系上的不同。
引言 同中求异：寻找中日传统政治文化的差异及其影响／001
上篇 皇权与革命：政治权力的合法性／006
一 皇帝和天皇：天无二日还是共享天下／011
二 忠诚与叛逆：政治伦理的绝对与相对／023
三 革命与改良：改朝换代还是咸与维新／033
四 革命还是放伐：一个初步讨论／043
中篇 郡县与封建：国家形态与社会结构／048
一 成为律令制国家了吗？日本的双重体制与重层结构／053
二 皇权下县：中国的郡县制与科举制／070
三 从古代日本到近世日本：亲藩、谱代与外样／075
四 走向近代：封建与郡县之利弊？／082
下篇 王权与神佛：意识形态与宗教信仰／091
一 公家、武家、寺家的三足鼎立：从织田信长火烧延历寺说起／094
二 皇帝即当今如来：屈服于政治的中国宗教／103
三 权门与方外：中日佛教在政治文化领域的差异／116
四 怎样走出中世纪？近代过程中欧洲、日本与中国宗教的位置／128
五 不是结论的结论：中日政治文化中的政教关系基因／138
附录
一 同文同种？还真不一定读尾藤正英《日本文化的历史》／145
二 中世的日本、朝鲜与大明读田中健夫《中世对外关系史》／151
三 传统东亚邦交中的名与器读周一良译新井白石《折焚柴记》／156
四 作为思想史的政治伦理问题读丸山真男《忠诚与反叛》／160
五 从古琉球史说起：国境内外与海洋亚洲读村井章介《古琉球：海洋亚洲的辉煌王国》／164
六 与本书相关的日本史粗略年表／193
后记／196
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