本套教材继续坚持三个对接的原则(即和5年制的院校教育对接，和执业医师的考试以及培训考核对接，和3年后的专科医师的准入和培训对接)，强调“三个转化”(在院校教育强调“三基”的基础上，本阶段强调把基本理论转化为临床实践、基本知识转化为临床思维、基本技能转化为临床能力)，强化“三个临床”(即早临床、多临床、反复临床)，提高“三种能力”(即提高年轻医师发现问题、分析问题与解决问题的能力，提高年轻医师创新思维的能力，提高年轻医师完成科研工作的能力)，培养“三种素质”(即职业素质、人文素质、综合素质)，实现“三医目标”(即医病、医身、医心，不仅要诊治单个疾病，而且要关注患者整体，更要关爱患者心理)。本套教材延续上版教材PBL和CBL的教学模式，凸显其专业特征、培训特色，把握院校教育与毕业后教育的区别，强调“创新性”“针对性”，注重教材的“全面性”以及“整体优化”，凸现学科特色，体现专业个性，强化“包容性”和“普适性”。其中临床流程、思维与诊治应该按照相关的临床诊疗指南、诊疗规范、临床路径、专家共识，或者编写专家组一致认可的诊疗规范来进行组织与编写，不能是院校或专家个人的经验与观点。按照住院医师规范化培训标准中规定的相关学科专业设置规划教材品种，根据调研、论证结果以及第1版教材使用期间的意见与建议，新增6个品种，一共46个品种。