全书共分五章，第一章介绍了微型水生动物生境、定义和内容以及研究现状。第二章介绍了原生动物的主要特点、典型代表动物和实验研究方法。第三章至第五章分别介绍了轮虫、枝角类和桡足类的主要结构、典型代表动物和实验研究方法。本教材在参考了水生生物学相关教材基础上，将原生动物根据新的分类系统进行修订，提供了典型代表种类的描述和图片。本教材在轮虫和枝角类章节参考了大量外文文献，提供了主要结构示意图和代表动物图片。此外，提供了一些微型水生动物的基础研究方法。本教材可以作为高等院校生物学、水产养殖学、水生生物学、生态学和环境工程相关专业的教材外，还可作为相关科研工作的参考书。