《医学传心录》共八十八章，整理后分为两大部分。靠前部分为“基础篇”，共计十四章。从诊脉传心诀到平胃散加减歌，按望、问、切、药物、方剂排列。第二部分为“病因篇”，将病因赋中总括的七十四章，分为内科五十九章，外科三章，五官科六章，妇科六章。内科又分为总论八章，各论五十一章，使《医学传心录》更具条理性，方便读者阅读。

第一篇 基础篇
一、望诊
麻衣决死法
二、问诊
发言须当理
三、切诊
1．诊脉传心诀
2．诊脉总要
3．诊脉六法
4．三部总看歌
四、药物
1．引经药
2．用药传心赋
3．治病主药决
五、方剂
1．四君子汤加减歌
2．四物汤加减歌
3．二陈汤加减歌
4．小柴胡汤加减歌
5．平胃散加减歌

第二篇 病因篇
一、病因赋
二、内科
1．总论
(1)百病皆生于六气
(2)诸症莫逃乎四因
(3)中暑有动静之异
(4)受湿有内外之分
(5)火有七说
(6)痰有十因
(7)气有九论
(8)郁有六名
2．各论
(1)伤寒症传变六经必须熟认
(2)瘟疫病感冒四气务要先明
(3)外感热病者知夏热与春温
(4)咳嗽者肺气之不清
(5)喘急有虚有实
(6)胸中烦热而虚实可分
(7)不寐者痰火旺而血少
(8)多睡者脾胃倦而神昏
(9)健忘血少忧郁而成
(10)惊悸痰迷恐惧所致
(11)癫狂者分心肝之热极
(12)痫症者寻痰火之重轻
(13)内伤脾胃者辨有余与不足
(14)呕吐者胃气逆而不下
(15)痞满脾倦积湿而成
(16)呃逆者胃气之不顺
(17)嗳气皆由于痰火
(18)咽酸尽为乎食停
附：嘈杂症
(19)中满臌胀者脾虚不运
附：浮肿
(20)噎膈翻胃者气食相凝
(21)腹中窄狭而痰火各别
(22)泄泻者脾气伤而不平
(23)痢因湿热及受积停
(24)五般黄疸湿热熏蒸而成
(25)五积六聚总是气凝其痰血
(26)卒中风因有四端治分三中
(27)痉症有阴有阳
(28)眩晕者无痰不作
(29)吐血出于胃腹
(30)衄血本乎肺经
(31)痰涎血属于脾脏
(32)咯唾血属于肾经
(33)牙宣者阳明之热极
(34)舌衄者少阴之火生
(35)汗出有自盗之名
(36)消渴者无火不生
(37)九种心疼痛在胃脘
(38)七般疝气病在厥阴
(39)胁痛有两边之别
(40)头风有左右之分
(41)腰痛肾虚而或闪挫
(42)腹痛寒气而或食停
(43)痹症寒湿与风乘
(44)痿症不足与湿热
(45)大便秘乃血液燥结
(46)小便闭乃气滞不行
(47)便浊有赤白之异
(48)四种遗精心，肾不能既济
(49)五劳六极皆是火烁乎天真
(50)疟犯暑风更兼痰食
(51)霍乱脾寒伤食所致
三、外科
1．破伤风原有三种治别三经
2．痔疾肠风湿热所致
3．发斑瘾疹风热所乘
四、五官科
1．耳聋者肾虚之故
2．目疾者肝火之因
3．齿痛乃胃热虫蛀
4．喉痹乃火动痰升
5．鼻塞者肺气之不利
6．口疮者脾火之游行
五、妇科
1．女人经水不调皆是气逆
2．妇人心烦潮热多是郁生
3．带下砂淋由于湿热
4．崩漏下血为损任冲
5．胎孕不安治有二理
6．产后发热原有七因