《南京工部职掌条例》五卷，卷一工部、营缮清吏司；卷二虞衡清吏司；卷三都水清吏司；卷四屯田清吏司；卷五营缮所、文思院、皮作局、宝源局、鞍辔局、颜料局、军器局、龙江提举司、清江提举司、龙江抽分竹木局、瓦屑坝抽分竹木局、大胜港抽分竹木局、各厂。对于工部四司职掌，又以科为纲进行汇纂。其中营缮清吏司下设内房科、外房科、杂科、递发科、匠科、北京科及架阁库；虞衡清吏司下设采捕科、军器科、窑治科、匠科、囚科、俸粮科；都水清吏司下设河防科、织造科、匠科、杂科；屯田清吏司下设屯种科、匠科、杂科、俸粮科、囚科、勘合科及架阁库。